塞尔柱帝国之后，中亚的花剌子模崛起，与西辽争夺中亚霸权。最终，喀喇汗王朝被花剌子模彻底灭亡。
喀喇汗王朝曾经盛极一时，但最终不断臣服于塞尔柱帝国~西辽~花剌子模，并最终被花剌子模所灭。
其二，投奔“安西”，进入吐鲁番盆地，建立了高昌回鹘王国；高昌回鹘，又称西州回鹘。与喀喇汗王朝的的中国和中亚的双重属性相比，高昌回鹘完全是我国的地方政权，其存在的时间在我国的唐末和宋朝时期，其国土在我国新疆东部地区，并以高昌为核心。
高昌回鹘，留下了大量辉煌灿烂的文物，但却没有留下一本简单的编年史，所以今天的我们对高昌回鹘建立的年代，统治者的世系都不清楚，只在《辽史》和《宋史》中有一些只字片语的记载。许多人常常会说西夏缺乏史料的记载，其实高昌回鹘王国的历史对于今天的我们来说更是扑朔迷离。
公元1125年，耶律大石建立西辽之后，高昌回鹘同样成为了西辽的附属国。
而历史进入公元13世纪，随着西辽的率领和蒙古人的崛起，高昌回鹘最终归降了蒙古人，时间大约在公元1211年。
这一年，高昌回鹘的首领术·阿而忒朝见成吉思汗，成吉思汗十分看重他，将其排在术赤、察合台、窝阔台、拖雷之后，成为了自己的“第五子”。后来，术·阿而忒战功卓著，其所在的高昌回鹘王国作为一个附庸国保存了下来，甚至被称为蒙古的“第五汗国”。
其三，投奔吐蕃，进入河西走廊，被称河西回鹘、甘州回鹘，成为今天我国的裕固族的前身。唐朝后期，河西回鹘在回鹘诸部之中势力最小，一直作为吐蕃、张义潮的附庸而存在。至两宋时期，党项人崛起于西北，河西回鹘最终被西夏李元昊所灭。
这一支回鹘族群，最终形成了我国今天的裕固族。而前两支回鹘族群——喀喇汗、高昌回鹘，后来和蒙古人进入西域建立的察合台汗国融合，形成了我国今天的维吾尔族。
