雍正很生气，后果很严重。雍正说，年羹尧是有意倒置，颠倒黑白（朝夕就是白天黑夜的意思），“羹尧不以朝乾夕惕许朕，则羹尧青海之功，亦在朕许不许之间而未定也。”马上让岳钟琪代替他的抚远大将军一职，任命他为杭州将军。年羹尧对雍正还有幻想，跟雍正撒娇：“臣不敢久居陕西，亦不敢遽赴浙江，今於仪徵（仪征，今扬州市下辖县级市）水陆交通之处候旨。”意思即使我不当抚远大将军，也不能马上当杭州将军啊，起码给我弄个差不多点的，比如扬州巡抚啥的，有个缓冲。
雍正见他胆敢抗旨不尊，更加愤怒，督促他赶紧上任。山西巡抚伊都立、都统前山西巡抚范时捷、川陕总督岳锺琪、河南巡抚田文镜、侍郎黄炳、鸿胪少卿单畴书、原任直隶巡抚赵之垣交章发羹尧罪状，侍郎史贻直、高其佩赴山西按时捷劾羹尧遣兵围郃阳民堡杀戮无辜，亦以谳辞入奏，上命分案议罪。罢羹尧将军，授闲散章京，自二等公递降至拜他喇布勒哈番，尽削羹尧职。
拜他拉布勒哈番别看名字拗口，其实不难懂。相当于大明的给事中，乾隆时定汉名为骑都尉。给事中是个从七品芝麻小官，年羹尧从正二品降到从七品，降了十二级，而且是“递降”。电视剧《雍正王朝》生动地诠释了这个词。年羹尧正吃饭呢，八菜八汤，下人上来把菜端走了，换成四菜四汤，正要吃，又换走了，成了两菜两汤。为啥要换，因为他的级别降了，所以待遇也得随之下降。
雍正二年十二月，逮至京师，下议政大臣、三法司、九卿会鞫。是月甲戌，具狱辞：羹尧大逆之罪五，欺罔之罪九，僣越之罪十六，狂悖之罪十三，专擅之罪六，忌刻之罪六，残忍之罪四，贪黩之罪十八，侵蚀之罪十五，凡九十二款，当大辟，亲属缘坐。上谕曰：“羹尧谋逆虽实，而事迹未著，朕念青海之功，不忍加极刑。”遣领侍卫内大臣马尔赛、步军统领阿齐图赍诏谕羹尧狱中令自裁。
其实由于各种小说影视的传播，把年羹尧的功劳过度夸大了，让人觉得雍正兔死狗烹太过无情。年羹尧平叛青海之乱之所以得胜，关键在于雍正皇帝的鼎力支持，后勤保障源源不绝是他打胜仗的根本原因。即使没有年羹尧，让别人打也差不到哪儿去。毕竟这是一场以多胜少以强胜弱以有钱打没钱的战争。如果打一个胜仗就尾巴翘上了天，那么汉朝的卫青，唐朝的李靖，明朝的徐达，得嘚瑟成啥样啊。所以年羹尧跟唐朝的侯君集，明朝的蓝玉差不多，都犯了恃宠而骄的毛病。
