三年后，王闿运后辞退尊经书院教职，回到湖南，先后主持长沙思贤讲舍、衡州船山书院的教务，并于光绪二十八年（1902年）赴江西，主办南昌高等学堂，之后，他回到湖南，一直在湘绮楼讲学授徒。他先后培养的数千弟子，可谓“门生满天下”。他的学生中，杨度、夏寿田、廖平、宋育仁、杨锐、刘光第、胡从简、齐白石、张晃、杨庄等。
船山书院
光绪三十二年（1906年），湖南巡抚岑春萱念王闿运德行出众，奏请清政府授予他翰林院检讨的官职，宣统三年（1911年）又加封他为翰林院侍讲。
之后，王闿运虽应邀出任袁世凯政府的国史馆馆长，但他轻视袁世凯，并故意用一位老保姆做护身符，最后辞职溜了。
民国三年（1914年）)，王闿运已是80高龄的老人，而袁世凯知其学名远扬，为了修史撑门面，特意邀请王闿运进京就职国史馆馆长。王闿运轻视袁世凯这位善变的政客，对袁氏政府很鄙视，对袁世凯请他就职的事嘲笑说：“瓦岗寨、梁山泊也要修史乎？”不过，他拗不过袁氏的邀请，也只好应允。有人议论说：“公已八十高龄，夫复何求？如今折身事袁，为其下属，似不值得。”而王闿运的傲气地回答说：“做官是乃是极易做之事，今已老聩，百事莫办，惟有找一最易之事为之。”
王闿运是个奇人，他之前也有过妻妾，但妻妾亡后，既不再娶妻，也不屑于与烟花女子取乐，但却带着一位老妈子跟随左右。
此老妈子称为“周妈”，王闿运常与周妈双出双入，很是亲热，而且从不避人。王闿运北上途经武汉，湖北督军王占元宴请他，他让周妈上席，让陪座的武汉权贵们惊讶万分；到京之后，袁世凯设宴招待，在王闿运旁边传为周妈留了座位。
王闿运的“周妈”
王闿运就职国史馆馆长之后，他的生活全由周妈安排照顾，没有她陪吃不好，没有她在床睡不香。更离谱的是，国史馆安排杂役等，其人事权完全掌握在周妈手里。后来，有人要到国史馆办事，便走后门找到周妈，找的人多了，周妈越发神气了，据说她还印了张名片，将王闿运亲笔写的“王氏侍佣周妈”六个大字印在上面。
周妈见过的世面多了，胆子也大了，她竟借王闿运的名义，写信替人求官职。使得当时的京城，很多人都知道国史馆有个周妈。周妈替人求官接受纳贿，但事情做多了，后来受贿的事败露了，这损了王馆长的名誉，王闿运要周妈钱退了，而她混过去，混不过了，便哭闹耍赖。
周妈的事让报界也大感兴趣，上海《时报·文艺周刊》专门刊登了《周妈传》，称：湘绮老人无周妈，则冬睡足不暖，日食腹不饱；《顺天时报》刊文讽刺周妈幕后干政，国史馆官以贿而成；《益世报》更有趣，载文仿王闿运口气曰：“周妈，吾之棉鞋大被也。无衣无褐，何以卒岁？”
那么，王闿运这个纵横学谋略家，难道就如此沉迷于“老女色”吗？真的任由周妈把持“馆政”，受贿帮人求官吗？
其实，这是王闿运的捭阖之策。当时，他学生宋育仁在帝制运动中演了一出“闹剧”，使他置身于危险之中，王闿运想放个烟幕弹，以求脱身。
宋育仁（1857－1931）被认为是四川历史上“睁眼看世界”第一人，他原是重庆维新运动的倡导者，积极策划维新大计，着力于建立君主立宪制。当杨度宣传恢复帝制时，原本主张维新变法、君主立宪的宋育仁也参与鼓噪，他悟以为袁世凯想让清帝复辟，其实，袁世凯并非想恢复清廷帝制，而是另有图谋，所以，把宋育仁“请”到了警察局，而后又将他解递原籍，王闿运对他的弟子宋育仁被抓又放的事，没有话说，但却从中看出了端倪。
熟知帝王权谋的王闿运对袁世凯玩的这“捉放曹”把戏看得很清楚，他看出了袁世凯想称帝了，如此下去，他作为袁氏请来的国史馆馆长，将陷入困境中，他不想稀里糊涂地跟着趟浑水，于是，便让周妈闹出了闹剧。
他放任周妈为所欲为，由此引来种种非议，让媒体笔伐，然后怪周妈“招摇撞骗”，接着，责怪自己“帷薄不修”，约束不了家人，但是，说自己是八十多岁的人，年迈多病，饮食起居皆有人料理，是无法离开周妈的，所以，既希望世人能够同情与谅解，又请求国史馆馆长之职。
