而明朝的精锐京军直属朝廷，驻扎在京师，应天距离北方前线太远，指挥既不便利，军队调动更加路途遥远，对边防相当不利。
如果定都北平，粮食也无法自给自足，需要依靠东南供给，日复一日，运输成本也是极大。
因此，在徐达攻取汴梁之后，朱元璋就亲自前往，为的就是进行视察，看汴梁是否适合建都。
一番查看下来，朱元璋发现汴梁虽然位置适中，但却是个四面受敌，无险可守的地方，防御能力还不如应天。
朱元璋随后下诏，以应天为南京，以汴梁为北京。但这只是为了在西北设立一个临时的军事补给基地，迁都汴梁是不可能了。汴梁的北京地位第二年就被取消，名称也改回开封府。
按照朱元璋自己的意思，是想要以老家凤阳为中都，他认为这个地方前有长江，后有淮水，运输方便——“前江后淮，以险可恃，以水可漕”。凤阳又离中原很近，以它为中都，可以弥补定都南京的不足。
当然，里面更有他光宗耀祖的念头在里面。
众大臣面面相觑，凤阳经济落后又无险可守，无论怎么看都不像个定都的好地方。
以刘基为首的大臣们强烈反对，但朱元璋固执己见，从洪武二年九月起，老朱就下诏修建中都，营建城池宫殿，一直到洪武八年，工程接近完工。
但在验收过程中，由于营建中都过程中的“厌胜案”事发，凤阳已不可能成为中都，就此被排除。
在洪武十一年，朱元璋终于下诏改南京为京师，踌躇了十年的建都问题，看上去似乎告一段落了。
然而并不是，朱元璋迁都的心思就没断过。
老朱想来想去，还是想迁都西北，扼守边防，开封不行，他又自己初步选定了两个地方，一个是长安，一个是洛阳。
这时已到了洪武二十四年，朱元璋也上了年纪，又当了几十年皇帝，不能像年轻时一样说走就走了。于是他派出太子朱标代他巡视西北，实地考察比较。
朱标深受朱元璋信任，老朱登基后立即被封为太子，他为人仁慈宽厚，深得诸位弟弟拥戴，在诸王里威信最高。
朱标事情办得很顺利，绘制了地图，回到南京交给朱元璋检视挑选。
谁知，第二年朱标就得病暴薨，年仅37岁。
朱元璋老年丧子，白发人送黑发人，伤心不已，这时他已65岁，自己既没有精力，也没有得力人选帮他操办迁都大事，有心无力，再也不提迁都了。
南京就此成为明朝京师，持续了53年，直到永乐十九年（1421年），朱棣正式迁都北京，改北平为京师，但在南京仍设六部等中央机构，以南京为留都。
